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２００８年、東京――。絶大な政治力を背景に超法規的活動を行いながらも、その実態が謎に包まれた研究機関、『古痕』。各分野の傑出した人材が集まるその組織の中でも、一際異彩を放つ研究者“津名川宗慈”。遺伝子工学に長け、ヒトゲノムの解析とプログラム、そしてそれらを応用した戦闘用アンドロイドの研究を行っていた。そしてその研究段階で作り出された３人の少女達は、追加された２４番目の遺伝子から「エクストラ」と呼ばれた。津名川を慕い、彼の研究に協力するエクストラ。それなりに穏やかな時を過ごしていた彼と彼女達の日常は、研究所に侵入してきた戦闘用ロボットとの闘いを機に変化していく…。